Para garantir maiores recompensas, Portugal enviou uma frota de navios em busca de ouro. 

Em 24 de janeiro de 1502, chega no local a expedição exploratória com Gaspar de Lemos e Américo Vespúcio no comando, visando reivindicar e demarcar as novas terras e nomearam o local por Barra do Rio Cananor. 

Anos depois, em 1531, Portugal envia mais uma expedição, sob o comando de Martim Afonso de Souza que chega na comunidade de Maratayama (Antigo nome de Cananeia registrado no diário de navegação da expedição) (Mara=mar e Tayama=terra). Esta data é considerada a fundação oficial da ilha. 

Em 1577, com ameaças constantes de invasão, construiram uma igreja na Praça Martim Afonso de Souza com muros largos e sem janelas, propositalmente para servir como Forte. 

A freguesia foi elevada a vila e conselho em 1600 com a designação de São João Batista de Cananeia. Foi elevada a categoria de cidade em 1892, passando a ter a atual designação em 1905. 

Cananeia é um dos 15 municípios paulistas considerados estâncias balneárias pelo Estado de São Paulo, por cumprirem determinados pré-requisitos definidos por Lei Estadual. Tal status garante a esses municípios uma verba maior por parte do Estado para a promoção do turismo regional. Também, o município adquire o direito de agregar junto a seu nome o título de Estância Balneária. 

A principal fonte de renda do povo é o turismo e a pesca, sendo o artesanato e a culinária típica caiçara outros atrativos da região. Uma região bastante visitada pelos turistas é a Ilha do Cardoso, acessível via mar, com a travessia feita majoritariamente pelas escunas e lanchas. 

Cananeia é um município brasileiro do estado de São Paulo. Localiza-se a uma latitude 25º00'53" sul e a uma longitude 47º55'36" oeste, estando a uma altitude de oito metros. Sua população estimada em 2004 era de 13.615 habitantes. É o município mais meridional do estado.